近年来，党和国家高度重视“三农”问题，涉农案件日益增多，如何审理好该类案件，直接关系到农民合法权益的保护，农业的发展和农村社会的稳定。下面谈谈在审理涉农案件经常碰到的一些问题及应对措施。
一、审理涉农案件存在的问题
1、农民诉讼能力低下。我国农民受教育程度不够，文化素质普遍不高，大多数当事人诉讼能力较差，法律、权利、 证据意识淡薄，对法律条文的理解能力、语言表达能力、法庭辩论能力比较欠缺。
2、涉及部门多，农民维权路艰辛。在案件起诉到法院之前，绝大多数农民（特别是伪劣农资案件）都找过当地有关部门请求解决问题，某些案件涉及部门多，他们由于种种原因互相推诿，口惠而实不至，迟迟不予解决。在多个部门长时间的奔波和等待之后，许多农户逐渐失去了信心，最后只得上法院讨说法，而打官司无疑要牵扯上他们大量的精力、财力，一般农民无法承受。但某些案件若未能及时处理，农民就不能获得新的资金来恢复生产，就要承受更严重的损失。因此，要从根本上解决涉农纠纷案件处理难的问题，还需多方共同努力。
3、取证和鉴定比较困难。由于农民证据意识淡薄，事件发生后他们并不知道收集、保全对自己有利的证据，待诉讼之时，提供不了关键性证据，事过境迁，调查取证变得相当困难。检测鉴定难也是涉农案件处理过程中一个公认的瓶颈问题。农资产品质量必须经有资质的机构化验才有法律效力，才可作为执法赔偿的依据，且检验费用不菲，许多农民不敢问津。
4、农民承受能力有限。许多农民经济实力较弱，无钱交纳诉讼费，请不起律师，难以支付高额的律师费、鉴定费；诉讼信心不足，面对复杂、浩瀚的法律和技术上的缺乏，只好知难而退，主动放弃通过诉讼解决纠纷，转而求助其他方式，促使有关案件刑转民，激化了矛盾。
5、对法官依赖性强。当事人主义诉讼模式对当事人的举证提出了更高的要求，若不求助于律师，农民单凭自己来完成全部的诉讼行为，不利于法庭顺利审理案件，许多当事人不知道输在何处。长期以来农民发生纠纷时多寄希望于政府相关部门调查处理，对政府依赖性较强，不善于通过诉讼解决纠纷。因此，一旦诉讼，他们不知如何举证、辩论，深深依赖法官，希望法官能帮助他们完成诉讼行为，他们理解不了法官的中立、消极地位，认为法官应该采取各种方式积极为他们主持公道。
6、法律法规不完善，可操作性不强。许多地方省市都制定了关于农业方面的地方性法规与规章，某些地方性法规及规章与国家法律法规的冲突（如河南省的“种子案件”）、地方各部门规章之间的冲突、各部门权力交叉、职责不清、互相扯皮等，使得执法部门在处理涉农案件时无所适从，不知究竟应以何者为准，操作起来相当困难。
二、应对措施
1、建立快速反映机制。处理涉农案件时，做到快立、快审、快执，各部门应本着“执政为民”的宗旨，相互配合、协调，主动采取有效措施，尽快解决农民提出的问题，帮助农民挽回损失，切实保障农民利益，为农村、农业、农民提供良好的治安环境。
2、加强诉讼指导。针对农民法律知识欠缺的现状，注重加强诉讼指导，让他们充分行使法律赋予的权利。在立案时向当事人送达权利义务通知书和举证通知书，耐心引导当事人举证，使他能积极主动的保全、收集、提供证据，给他们复印与案件相关的法律条文，帮助其理解法律。对于涉及人数众多的共同诉讼，依法合并审理，并引导当事人推选文化素质较高的人作为代表人进行诉讼。
3、依法调查取证。根据法律的规定或当事人的申请，主动到相关部门及深入农村，了解案件情况，调查、收集与案件有关的证据；对于需要通过勘验、鉴定获得的证据，及时与有关部门取得联系，依法委托鉴定，保证涉农案件审理工作的顺利进行。
4、做好调解工作。对涉农案件应注重调解，给当事人讲法律、说道理，促使双方当事人在互谅互让的基础上和解，避免矛盾激化，保持社会稳定。特别是对涉及面广，处理难度大，易引发群体性矛盾，影响农村社会的稳定的土地承包纠纷、农资产品质量纠纷案件，更应注重调解和服判息诉工作，把调解贯穿于整个诉讼活动之中，促使当事人消除矛盾，确保案件的社会效果与法律效果的有机统一。
5、方便农民诉讼，坚持巡回办案。依据客观情况，酌情减免诉讼费，使贫困的农民也打得起官司；对复杂、疑难案件，实行律师强制诉讼主义，解决农民诉讼行为能力低下的问题，胜诉方律师的费用由败诉方承担；为了不误农时，服务农业生产，方便农民诉讼，可以采取电话立案、到农村开庭等方式，深入田间地头、农户家中现场开庭，及时审理调处涉农案件。
6、加强农村法制宣传。结合工作实际，利用双休日时间，深入开展“法律送进村，服务心连心”等普法宣传活动，利用当地广播、电视、报纸向广大的农民宣传法律，告诉他们特别要注意收集、保全与案件有关的证据，提高农民群众的法制观念，增强农民知法、守法、用法意识，协助村组搞好综合治理，建立农村扶助联系点，为农村奔小康提供法律援助和服务。
7、完善农业法律法规。消除地方性法规及规章与国家法律法规的冲突，力求法律的统一；明确各部门的权限与职责，消除权力之间的重叠、交叉现象，使得规章与规章之间权责分明、协调统一，操作方便。