高校树立和落实科学发展观，涉及到办学的各个领域，体现在思想上、战略上的一个重要方面，就是要形成和具有先进的办学理念。办学理念是高校办学的灵魂和指针，是高校可持续发展的精神支柱。先进的办学理念可以外塑形象，内聚人心，为学校的可持续发展提供源源动力。高校管理者在实际工作中要牢固树立以人为本的理念、经营学校的理念、内涵和特色发展
理念以及国际化的办学理念。要确立以人为本的办学理念。以人为本的理念是办好大学的核心理念，它是大学常胜不衰的根本信条。第一，要以人才为本。人力资源是第一资源。周济部长要求高校要以超常规的热情、超常规的投入和超常规的举措来抓人才工作，在学校的各项工作中落实人才为本的指导思想。学校的各项建设最终都要落脚到培养人才、汇聚人才上。要树立人才为本的理念，在工作中必须用好现有人才、引进优秀人才，并为人才成长和发挥作用创造良好的环境。要采取多种形式，为现有人才创造发展和上台阶的机会。要引进一流人才，必须用心招人，以人引人。在做好稳定人才和引进人才的同时，还要培育人才成长发展的环境和土壤，让已是人才者充分展现其光芒，让有潜力成为人才者在良好的环境和土壤中茁壮成长。第二，要以学生为本。高校管理者要把学生看成学校生存之本，把“一切为了学生、为了一切学生、为了学生的一切”的理念贯彻到学校的每一项工作中。要把促进学生全面发展看成学校发展之本。大学要发展，关键在学生是否有质量、有特色，而学生的质量与特色又取决于学生的发展水平。杜维明先生指出：“能不能为大学生的自由发展、自我实现、自我完善提供条件、创造环境，是评判大学素质的重要标准。”
要确立经营学校的理念。中山大学黄达人指出，“大学需要经营”这一理念，实际上已经成为大学管理的一个核心。经营大学是指大学必须要精心地运作和管理。第一，高校管理者必须强化成本意识。成本问题是关系到一所大学能否可持续发展的大问题，控制和降低办学成本的核心，在于如何使校内的有限资源运用得更为有效。高校管理者要坚持“量力而行、量入为出、勤俭节约、开源节流，有所不为、有所为”的原则处理校内事务。第二，高校管理者必须强化效率观念。办学成本的压力是当前大学迫切需要提高管理效率的动因，而追求效率则是实现大学成本控制的有效手段。要建立起行之有效的校内资源配置系统，尽可能地考虑投入与产出的效率，要尽可能地实现资源共享。决策成本是最大的成本，决策的效率也是最大的效率。要实现资源共享，降低办学成本，提高管理效率，必须在改革管理体制的同时，提高科学决策的水平。高校管理者不仅要树立经营大学的理念，还要树立经营学科、经营专业的理念。
要确立内涵发展的理念。随着高等教育大众化目标的实现，在校学生数和学校占地面积不应成为高校管理者追求的主要目标。质量是高校的生命线，是立校之本、办校之基、强校之源。一个理想的大学应该既有大师又有较好的科学研究条件。大学的发展呼唤大师，同时必须为大师创造良好的工作和生活的条件，离开了科研设备就很难造就出或者是吸引大师。中国科技大学朱清时指出：“高校发展既不能盲目膨胀，也不能千篇一律，关键在于内涵的优化。”上海第二医科大学沈晓明指出，大学建设“必须是软件重于硬件，质量重于数量，精重于全”。
要确立特色发展理念。大学的办学特色是指大学在办学过程中传承被社会公认的、独特的、优秀的办学特征，具体表现在学校的各个方面，最终直接体现在所培养学生的质量、综合素质、科学研究能力和水平以及学校对推动社会进步和经济发展作出的贡献。大学办学特色是大学持续发展的关键。办大学，如果没有自己的特色，就缺乏竞争力和生命力。没有特色就不是好大学。因此，高校管理者要选准特色、营造特色、强化特色。要实现这个目标，高校管理者在实际办学中要力求避免盲目求全、盲目攀高和办学同质的问题。
要树立国际化理念。要国际化，首先必须开放，所谓开放，就是要着眼世界。孔宪铎在《我的科大十年》中指出：“任何一所好的大学，一定要着眼世界，才能学无止境，学无国境，只有着眼世界，才不会拘于区域。”“不管在哪里，任何一所大学，一旦本地化，一旦区域化，一旦设了局限，一旦画了圈圈，就跳不出去，就无法无止境地发展。”“为什么在美国的大学理念中能包容并善用德、英模式并创出新的格局？很简单，就是因为能够着眼世界，取法乎上，并从善如流。”